Bestyrelsen er øverste myndighed for universitetet og har ansvaret for den overordnede og strategiske ledelse af universitetet. Bestyrelsen har det overordnede ansvar for, at universitetet bedriver forskning og giver forskningsbaseret uddannelse indtil højeste internationale niveau inden for sine fagområder m.v. Bestyrelsen har det overordnede ansvar for, at universitetets forskning og uddannelser udvikles løbende. Bestyrelsen skal forvalte universitetets midler effektivt og til størst mulig gavn for samfundet.

Bestyrelsen har bl.a. følgende opgaver:

• At fastlægge universitetets organisation efter indstilling fra rektor
• At indgå en strategisk rammekontrakt med ministeren
• At ansætte rektor
• At ansætte prorektor(er) og universitetsdirektør efter indstilling fra rektor
• At lægge rammerne for samspillet mellem bestyrelsen og rektor
• At godkende universitetets overordnede strategi og mål efter indstilling fra rektor
• At oprette og nedlægge fakulteter
• At godkende universitetets budget og overordnede budgetprincipper efter indstilling fra rektor og at underskrive årsregnskabet
• At fastsætte regler om valg af interne medlemmer til bestyrelsen efter indstilling fra rektor
• At sikre der er medbestemmelse og medinddragelse af medarbejdere og studerende i væsentlige beslutninger

Bestyrelsen sammensættes af 6 eksterne og 5 interne medlemmer. Medlemmerne skal tilsammen have erfaring og indsigt i forskning, forskningsbaseret uddannelse, vidensformidling, videns udveksling og myndighedsbetjening med henblik på at kunne varetage den overordnede og strategiske ledelse af universitetet. De interne medlemmer skal arbejde for at fremme af AAU’s interesser og skal bringe de videnskabelige medarbejderes, de teknisk-administrative medarbejderes og de studerendes perspektiv ind i bestyrelsens opgavevaretagelse.

Bestyrelsens interne medlemmer vælges således:

• 2 medlemmer af og blandt det videnskabelige personale, herunder ansatte ph.d.-studerende
• 2 medlemmer af og blandt de studerende
• 1 medlem af og blandt det teknisk-administrative personale

Medlemmer valgt af og blandt universitetets personale vælges for 4 år ad gangen med mulighed for genvalg. Medlemmer valgt af og blandt de studerende vælges for 2 år ad gangen med forskudt valg og med mulighed for genvalg. 

Der er for hvert fakultet nedsat et akademisk råd. De akademiske råd har til opgave at sikre de studerende og de videnskabelige medarbejderes indflydelse på faglige og akademiske forhold. De akademiske råd har ansvar for at udvikle og vedligeholde en høj akademisk standard på fakulteterne, og rådene kan udtale sig om akademiske forhold som rådet finder relevant for fakulteternes virksomhed. De akademiske råd rådgiver dekanerne om akademiske forhold, som dekanerne forelægger for rådet.

Det er dekanerne, der beslutter, om det akademiske råd sammensættes af enten 8 eller 15 medlemmer, hvor dekanen er født medlem af rådet. De resterende medlemmer vælges af og blandt det videnskabelige personale (herunder ansatte ph.d.-studerende) samt de studerende i forholdet 5:2. Repræsentanter for det videnskabelige personale vælges for 4 år ad gangen, mens repræsentanter for de studerende vælges for 1 år ad gangen. Medlemmerne af akademisk råd vælger, hvem der skal være formand.

De akademiske råd har bl.a. følgende opgaver:

• At rådgive dekanen om fakultetets strategiske forhold
• At rådgive dekanen om fakultetets budget og budgetprincipper
• At rådgive dekanen om strategiske forsknings- og uddannelsesområder og planer for vidensudveksling
• At rådgive dekanen om kvalitetssikring og udvikling af fakultetets forskningsmiljø, uddannelser, ph.d.-uddannelser og den forskningsbaserede undervisning
• Efter indstilling fra dekanen at godkende sammensætningen af bedømmelsesudvalg til bedømmelse af ansøgere til videnskabelige stillinger samt at rådgive dekanen om principper herfor
• Efter indstilling fra dekanen at godkende sammensætningen af bedømmelsesudvalg til bedømmelse af kandidater til titlerne adjungeret professor og adjungeret lektor samt at rådgive dekanen om principperne herfor
• At tildele ph.d.- og doktorgrader
  At fastsætte retningslinjer til fremme af god videnskabelig praksis.

På hvert institut nedsætter institutlederen et institutråd, som sikrer de studerende og videnskabelige medarbejderes indflydelse på instituttets faglige og akademiske forhold. Institutrådene har til opgave at drøfte og rådgive institutternes ledelse om forhold af relevans for institutternes forskning, uddannelse, vidensformidling og evt. myndighedsbetjening. Institutrådene rådgiver desuden institutlederne om forhold, som institutlederne forelægger og kan endvidere udtale sig om forhold, som rådene finder relevant for institutternes virksomhed.

Institutlederen bestemmer hvor mange medlemmer institutrådet skal bestå af. Det maksimale antal medlemmer er 13.
Institutlederen er født medlem af og formand for rådet. De øvrige medlemmer vælges af og blandt det videnskabelige personale, herunder ansatte ph.d.-studerende, det teknisk-administrative personale samt de studerende i forholdet 2:1:1. Repræsentanterne for det videnskabelige og det teknisk-administrative personale vælges for 4 år ad gangen, og repræsentanterne for de studerende vælges for 1 år ad gangen.

Institutrådene har bl.a. følgende opgaver:

• At rådgive institutlederen om instituttets strategiske forhold
• At rådgive institutlederen om instituttets budget

Dekanerne nedsætter et eller flere studienævn, der omfatter en eller flere uddannelser eller uddannelsesdele. Studienævnene er med til at sikre de studerende og de videnskabelige medarbejderes medbestemmelse på og medinddragelse i forhold, der vedrører uddannelse og undervisning. Studienævnene har til opgave at sikre tilrettelæggelse, gennemførelse og udvikling af uddannelse og undervisning. Studienævnene udtaler sig om forhold, som universitetets daglige ledelse forelægger og kan desuden udtale sig om forhold, der er relevante institutternes virksomhed.

Studienævnene har bl.a. følgende opgaver:

• At kvalitetssikre og kvalitetsudvikle studiets uddannelse og undervisning og påse institutleders opfølgning på uddannelses- og undervisningsevalueringer
• At udarbejde forslag til studieordning og ændringer heri
• At godkende plan for tilrettelæggelse af undervisning og af prøver og anden bedømmelse, der indgår i eksamen, og i samarbejde med studielederen at forestå den praktiske tilrettelæggelse heraf
• At godkende ansøgninger om merit, herunder forhåndsmerit, og om dispensation
• At afgive indstilling om studieleder
• At drøfte henvendelser vedrørende eventuelle uhensigtsmæssigheder i undervisningen og at videregive information og eventuelle anbefalinger til institutleder herom. 

Studienævnene består af et af dekanerne fastsat antal medlemmer, dog ikke under 4 og ikke over 12. Medlemmerne vælges af og blandt det videnskabelige personale, herunder ansatte ph.d.-studerende, og af og blandt de studerende i forholdet 1:1. Repræsentanterne for det videnskabelige personale vælges for 4 år ad gangen, og repræsentanterne for de studerende vælges for 1 år ad gangen. Studienævnet vælger en formand blandt det videnskabelige personale og en næstformand blandt de studerende. Valg af formand skal godkendes af dekanen.

Der er for hvert fakultet nedsat et ph.d.-udvalg for ph.d.-skolen. Ph.d.-udvalgene er med til at sikre de ph.d.-studerende og de videnskabelige medarbejderes indflydelse på de faglige og akademiske forhold på ph.d.-uddannelserne. Ph.d.-udvalgene rådgiver ph.d.-skolelederne om forhold, som ph.d.-skolelederne forelægger og kan endvidere udtale sig om forhold, som udvalget finder relevant for ph.d.-skolens virksomhed.

Ph.d.-udvalgene har bl.a. følgende opgaver:

• At indstille sammensætningen af bedømmelsesudvalg til dekanen
• At godkende ph.d.-kurser
• At udarbejde forslag til interne retningslinjer for ph.d.- skolen, herunder ph.d.-vejledning, til ph.d.-skolelederen
• At udtale sig om evaluering af ph.d.-uddannelse og -vejledning, herunder internationale evalueringer af ph.d.-skolerne, til ph.d.-skolelederen
• At godkende ansøgninger om merit, herunder forhåndsmerit, og om dispensation.

Ph.d.-udvalgene består af et af dekanerne fastsat antal medlemmer, dog ikke under 6 og ikke over 14. To af medlemmerne vælges af og blandt de ph.d.-studerende, mens de øvrige medlemmer vælges af og blandt det videnskabelige personale. Repræsentanterne for det videnskabelige personale vælges for 4 år ad gangen, og repræsentanterne for de ph.d.-studerende vælges for 1 år ad gangen. Formænd og næstformænd godkendes af dekanerne efter indstilling fra ph.d.-udvalgene. Formændene indstilles blandt ph.d.-udvalgenes videnskabelige medlemmer og næstformændene blandt ph.d.-udvalgenes ph.d.-studerende.